نخستین گزارش از گونه Neocosmospora vasinfecta جداسازی شده از خاک‌های بکر در ایران

نوع مقاله : سیستماتیک و تنوع زیستی قارچ‌ها

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران

2 استادیار قارچ‌شناسی، بخش گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران

چکیده

در تابستان سال 1396، طی یک بررسی به منظور شناسایی گونه‌های قارچی از خاک‌های بکر استان کرمانشاه، نمونه‌های خاک از عمق 20-0 سانتی‌متری جمع‌آوری و از خاک جداسازی و سپس با روش تهیه رقت با استفاده از محیط کشت سیب زمینی دکستروز آگار صورت گرفت. در این بررسی، یک جدایه از خاک بکر (دامنه کوه) سومار واقع در منطقه قصر شیرین به دست آمد. میسلیوم در این جدایه به رنگ سفید مایل به کرم بود (شکل 1A). پریتسیوم نارنجی رنگ تا قرمز تیره، کروی تا گلابی شکل با گردن کوتاه، روزنه‌دار، دارای پریفیز و به ابعاد 240 تا 350 میکرومتر بود (شکل 1B). آسک‌ها سیلندری، دارای هشت آسکوسپور، دیواره نازک، غیرآمیلوییدی، با انتهای صاف و پدیسل کوتاه و به ابعاد 12–10 × 100–80 میکرومتر بود (شکل 1C). آسکوسپورها یک جداره، دارای دیواره مضرس، کروی تا بیضوی، شفاف و در زمان بلوغ قهوه‌ای و گاهی اوقات دارای قطره روغن و به ابعاد 63/9 × 23/11 میکرومتر بود (شکل 1D).براساس خصوصیات مورفولوژیکی، این جدایه Neocosmospora شناسایی شد.برای شناسایی گونه، اسخراج دی.ان.ای. به روش سی تب صورت گرفت و نواحی نسخه‌برداری شده داخلی دی.ان.ای. ریبوزومی هسته (ITS) و قسمتی از فاکتور طویل‌کننده ترجمه (TEF1) با واکنش زنجیره‌ای پلیمراز و جفت آغازگرهای ITS1/ITS4 و EF1F/EF1R  تکثیر شدند. آنالیز فیلوژتیکی به روش بیشینه درست‌نمایی (Maximum likelihood) و با استفاده از نسخه 5 نرم‌افزار مگا صورت گرفت. در توالی‌یابی ناحیه نسخه‌برداری شده داخلی دی.ان.ای. ریبوزومی هسته و قسمتی از فاکتور طویل‌کننده ترجمه برای این جدایهتعداد 550 و 650 جفت باز به ترتیب به دست آمد که ناحیه نسخه‌برداری شده داخلی دی.ان.ای. ریبوزومی هسته 99 درصد با گونه Neocosmosporavasinfecta با شماره دسترسی KM231804 از کشور هند و فاکتور طویل‌کننده ترجمه 100 درصد با گونه‌ای به همین نام با شماره دسترسی JX997934 از فرانسه شباهت داشت. این جدایه با شماره دسترسی MG811579 برای ناحیه نسخه‌برداری شده داخلی دی.ان.ای. ریبوزومی هسته و با شماره دسترسی MH976665 برای فاکتور طویل‌کننده ترجمه در پایگاه اطلاعاتی بانک ژن ثبت گردید.آنالیز فیلوژنتیکی ناحیه نسخه‌برداری شده داخلی دی.ان.ای. ریبوزومی هسته با بیشینه درست‌نمایی صحت شناسایی گونه را تایید کرد و نمونه ما با ضریب اطمینان بالا همراه با نمونه‌های معتبر از کشورهای دیگر در یک گروه قرار گرفت (شکل 2). جدایه قارچ فوق در مجموعه قارچ‌های زنده وزارت جهاد کشاورزی در مؤسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور (تهران) نگهداری می‌شود. این گونه برای فلور قارچی ایران برای نخستین بار از ایران گزارش می‌شود.

نمونه بررسی شده: استان کرمانشاه، قصر شیرین، سومار، 45° 95΄ E, 33° 96΄ N، 5/4/1396، جداسازی شده از خاک بکر، شیما سعیدی (IRAN 3320 C).

کلیدواژه‌ها

موضوعات


Baard, S.W. & van Wyk, P.S. 1985. Neocosmospora vasinfecta pathogenic to groundnuts in South Africa. Phytophylactica 17: 49–50.
Ben Hamida, F., Achard, J.M., Westeel. P.F., Chandenier, J., Bouzernidj, M., Petit, J. & Fournier, A. 1993. Leg granuloma due to Neocosmospora vasinfecta in a renal graft recipient. Transplantation Proceedings 25: 2292.
Cannon, P.F. & Hawksworth, D.L. 1982. A revision of the genus Neocosmospora (Hypocreales). Transaction British Mycological Society 82: 673–688.
Doveri, F. 2011. Additions to “Fungi Fimicoli Italici”: An update on the occurrence of coprophilous Basidiomycetes and Ascomycetes in Italy with new records and descriptions. Mycosphere 2: 331–427.
Dau, V.T., Pham, L.T., Luong, T.M., Huynh, L.M.T., Tran, N.T., Ho, T.D., Hoang, H.M.T., Phan, H.T. & Burgess, L.W. 2010. First report of Neocosmospora vasinfecta associated with the root rot complex of peanuts in Vietnam. Australasian Plant Disease Notes 5: 79–81.
Fuhlbohm, M.F., Tatnell, J.R. & Ryley, M.J. 2007. Neocosmospora vasinfecta is pathogenic on peanut in Queensland. Australasian Plant Disease Notes2: 3–4.
Gabriel, F., DAlmeida, M., Albert, O., Fitton-Ouhabi, V., Noel, T. & Accoceberry, I. 2013. A disseminated infection with the antifungal-multiresistant teleomorphic fungus Neocosmospora vasinfecta in apatient with acute B-lymphoblastic leukemia. Medical Mycology Case Reports 2: 44–47.
Gardes, M., White, T.J., Fortin, J.A., Bruns, T.D. & Taylor, J.W. 1991. Identification of Indigenous and Introduced Symbiotic Fungi in Ectomycorrhizae by Amplification of Nuclear and Mitochondria1 Ribosomal DNA. Canadian Journal of Botany69: 180–190.
Huang, J.W., Chen, S.S. & Chung, W. 1992. Neocosmospora foot rot of peanut in Taiwan. Plant Pathology Bulletin1: 203–205.
Kac, G., Piriou, P., Gueho, E., Roux, P., Tremoulet, J., Denis, M. & Judet, T. 1999. Osteoarthritis caused by Neocosmospora vasinfecta. Medical Mycology 37: 213–217.
Lombard, L., van der Merwe, N.A., Groenewald, J.Z. & Crous, P.W. 2015. Generic concepts in Nectriaceae. Studies in Mycology 80: 189–245.
Manikandan, P. Vágvölgyi, C., Narendran, V., Panneer Selvam, K. & Kredics, L. 2011.Neocosmospora. Pp. 449–458. In: Molecular Detection of Human Fungal Pathogens (D. Liu., ed.). CRC Press.
O’Donnell, K., Sutton, D.A., Fothergill, A., Mc Carthy, D., Rinaldi, M.G., Brandt, M.E., Zhang, N. & Geiser, D.M. 2008. Molecular phylogenetic diversity, multilocus haploty penomenclature, and in vitro antifungal resistance with in the Fusarium solani species complex. Journal of Clinical Microbiology 46: 2477–2490.
Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M. & Kumar, S. 2011. MEGA 5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution 28(10): 2731–2739.
White, T.J., Bruns, T., Lee, S. & Taylor, J. 1990. Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics. Pp. 315–322. In: "PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications" (Gelfand, M.A., Sninsky, D.H. & White, T.J., eds). Academic Press, San Diego, CA.