Isolation, purification and identification of three diatom species (Bacillariophyceae) from Gomishan wetland (N. Iran) using phylogeny and silica cell wall ultra-structure analysis

Document Type: Research Paper

Authors

1 MSc Graduate, Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran; Department of Plant Biology, Faculty of Biological Sciences, Kharazmi University, Tehran, Iran

2 Assistant Prof., Department of Biotechnology, Faculty of Biological Sciences, Alzahra University, Tehran, Iran

3 Prof., Department of Plant Biology, Faculty of Biological Sciences, Kharazmi University, No. 43, Mofatteh Ave., Tehran 15719-14911, Iran (ghahremaninejad@khu.ac.ir)

4 Associate Prof., Department of Microbiology, Faculty of Biology and Center of Excellence in Phylogeny of Living Organisms, College of Science, University of Tehran, Tehran; Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran, Iran

5 MSc Graduate, Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran, Iran

6 Associate Prof., Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran; Department of Molecular and Cellular Biology, Faculty of Basic Sciences and Advanced Technologies in Biology, University of Science and Culture, Tehran, Iran

7 PhD Student, Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran, Iran

Abstract

Diatoms of Gomishan wetland (Golestan province, N. Iran), one of the most significant habitats in the eastern shore of the Caspian Sea, has been isolated, purified and identified during 2013. Using serial dilution and streaking on F/2 medium, pure, monoalgal and axenic cultures of the isolates were prepared. The isolates were characterized and identified using micro-morphological studies on the prepared permanent slides followed by scanning electron-microscopy. To prove the identification results, the most reliable genomic sequence fragments were investigated using GenBank database. Thus, SSU was amplified and analyzed, phylogenetically. The morphology and sequence data of three isolates were assessed which indicated that, the results of phylogenetic analyses of SSU-based sequences can support the morphological studies data. Finally, the isolates were introduced as Fallacia pygmaea, Halamphora coffeiformis andNavicula veneta.

Keywords


Article Title [Persian]

جداسازی، خالص‌سازی و شناسایی سه گونه دیاتوم (Bacillariophyceae) از تالاب گمیشان براساس آنالیز فیلوژنی و توصیف فراساختار دیواره سیلیسی

Authors [Persian]

  • فرخنده صبا 1
  • مصطفی نوروزی 2
  • فرخ قهرمانی‌نژاد 3
  • محمد علی آموزگار 4
  • مهشید صدقی 5
  • سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی 6
  • مسلم پاپی‌زاده 7
1 دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، بانک میکروارگانیسم‌ها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران؛ گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران
2 استادیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا (س)، تهران، ایران
3 استاد گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران (ghahremaninejad@khu.ac.ir)
4 دانشیار پردیس علوم، دانشکده زیست شناسی و قطب تبارزایی موجودات زنده، بخش میکروبیولوژی، دانشگاه تهران؛ بانک میکروارگانیسم‌ها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
5 دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، بانک میکروارگانیسم‌ها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
6 دانشیار بانک میکروارگانیسم‌ها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران؛ گروه زیست‌شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده‏‏‏‏‏‏ علوم پایه و فناوری‌های نوین زیستی، دانشگاه علم و فرهنگ، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
7 دانشجوی دکتری بانک میکروارگانیسم‌ها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
Abstract [Persian]

دیاتوم‌های اپیپلیک تالاب گمیشان (استان گلستان)، یکی از زیستگاه‌های با ارزش در حاشیه شرقی دریای خزر، در سال 1392 جداسازی، خالص‌سازی و سپس مورد شناسایی قرار گرفتند. بدین منظور، از روش‌های رقیق‌سازی سریالی و کشت خطی روی محیط کشت f/2 استفاده و کشت خالص تهیه شد. برای شناسایی جدایه‌ها، مطالعات ریزریخت‌شناسی روی لام‌های دایمی تهیه شده انجام گردید و همچنین تصاویر میکروسکوپی الکترونی نگاره مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تکمیل روند شناسایی، بهترین توالی برای شناسایی براساس آنالیز توالی‌های موجود در GenBank انتخاب شد و پس از تکثیر قطعه کدکننده ژن SSU، مطالعات فیلوژنتیکی انجام پذیرفت. صفات ریخت‌شناسی و اطلاعات مولکولی سه گونه جدا شده بررسی شد و با تفسیر اطلاعات مشخص شد آنالیزهای فیلوژنتیک توالی SSU تایید کننده نتایج مطالعات ریخت‌شناسی می‌باشد. بر این اساس، آرایه‌های دیاتوم مورد مطالعه متعلق به گونه‌های Fallacia pygmaea، Halamphora coffeiformis و Navicula veneta شناسایی شدند.

Keywords [Persian]

  • باسیلاریوفیسه
  • جلبک
  • فیتوپلانکتون
  • کشت خالص
  • 18s rDNA
منابع در متن می‌باشد.